Il Museo della Basilica, destinato a raccogliere le numerose opere d’arte della parrocchia fu inaugurato nel 1929, tra i primi nel suo genere e fortemente caldeggiato anche da mons. Angelo Roncalli poi Giovanni XIII. Conserva principalmente gli straordinari tesori che i mercanti e le nobili famiglie hanno donato alle chiese gandinesi e sopratutto all'insigne Basilica dal XV secolo ai giorni nostri. Le collezioni ospitano principalmente opere italiane, tedesche, francesi, fiamminghe, austriache e più generalmente mitteleuropee.

La sezione di Arte sacra è la più antica delle sezioni museali e si articola in diversi ambiti artistici tra i quali spiccano certamente:
• il Tesoro diviso tra l'eccezionale copertura dell’altare maggiore della Basilica e le oreficerie e argenterie che custodiscono preziosi vasi sacri e arredi liturgici.
• la collezione dei tessuti aulici che spazia dal ‘400 al ‘700 con decine di tipologie tessili confezionate in preziosi paramenti.
• una delle più importanti raccolte mondiali di merletti e ricami in oro, argento e fibra.
• l'arazzeria, costituita da 10 magnifici esemplari fiamminghi risalenti al XVII secolo.
• la raccolta di statue ed intagli lignei, lombarde ed europei, che spazia dal XV al XIX secolo.
• interessanti poi le raccolte di dipinti, mobilio antico e codici miniati.